天文研究所於1938年4月25日遷抵昆明，設辦事處於小東城腳20號，另於昆明東郊羊方凹村鳳凰山興建天文臺，7月鳳凰山天文臺落成，全所遷入；開始負責昆明每日午炮報時工作，直到1946年5月遷返南京為止。圖為昆明天文所變星儀圓頂室。
天文所返南京恢復工作。部份設備仍留置鳳凰山天文臺，與國立雲南大學合作。
