基於「基礎學科設所、跨學科研究設中心」的長期發展政策，為深入探討人類語言的生物共性、數理共性、與文化共性，以建立關於人類語言的科學性及系統性知識，1997年3月將史語所語言組研究人員析出，成立語言所籌備處，於同年6月15日聘李壬癸為首任主任。
生命科學組院士錢煦、廖一久、人文及社會科學組院士李壬癸獲頒2009年總統科學獎。
