1970年代初期，史語所參加「臺灣省濁水、大肚兩溪流域自然與文化史科際研究計畫」（濁大計畫），發掘採集了大量臺灣考古標本，也典藏於館內庫房。 1986年，歷史文物陳列館落成後，大陸考古文物、部分研究人員與工作人員轉至該館，考古館遂以執行臺灣考古研究為主，故又有「臺灣考古館」之稱。考古學門研究同仁大多以臺灣考古為主要研究領域，長年工作累積了大量的考古出土標本、田野記錄及相關文獻等，都是研究和重建臺灣古代文化的重要資料。
