1986年史語所歷史文物陳列館大樓啟用，一、 二兩樓闢為展覽廳，博物館的規模乃初步成形。本館藏品除了圖書、金石拓片藏於傅斯年圖書館，明清時期內閣檔案藏於明清檔案工作室外，其餘十四餘萬件文物，皆收藏於本館。主要內容為考古遺物十萬餘件；原摩梯耶（ Mortillet）父子收藏歐洲舊石器七千餘件；傅斯年先生購於北平的商周青銅器一批；居延漢簡 一萬三千餘件；中國民族學文物約一千餘件。
